Kelanjutan dari anime Koutetsujou no Kabaneri, di mana setengah tahun telah berlalu sejak pertarungan terakhir. Untuk bisa melewati Pegunungan Hida, Ikoma dan kawan-kawannya harus bisa merebut kembali Unato yang telah dikuasai kabane semalam lima tahun terakhir. Setelah merebut daerah kelima Unato, Pasukan Persekutuan berencana untuk menyerang kastil Unato yang merupakan sarang kabane. Ikoma menemukan fakta keanehan kabane yang ada di Unato dan berusaha untuk menjelaskannya kepada semua orang, tapi tak ada yang mempercayainya. Bagaimana perjuangan Ikoma dan kawan-kawannya dalam pertempuran Unato?