Saat Shinsei Inazuma Jepang akan bertanding dengan Inazuma Legend Jepang, serangan misterius seseorang dan segerombolan robot terganggu, dan kekuatan gadis misterius lainnya mendorong dunia ke dimensi lain. Ketika dunia Inazuma Eleven Go dan Danball Senki W bertemu, kedua tim harus bekerja sama untuk mencari tahu apa yang terjadi dengan dunia mereka.