Gadis-gadis muda dari Mitakihara dengan riang menjalani hidup mereka, kadang-kadang melawan kejahatan, tetapi sebaliknya melakukan rutinitas sehari-hari mereka yang damai. Namun, Homura Akemi merasa bahwa ada sesuatu yang salah dengan suasana yang sangat menyenangkan ini — meskipun yang lain tetap tidak sadar, dia tidak bisa tidak menduga bahwa ada lebih banyak hal yang terjadi daripada yang terlihat: seseorang yang seharusnya tidak ada saat ini hadir untuk bergabung dalam kegiatan mereka. Mahou Shoujo Madoka ★ Magica Movie 3: Hangyaku no Monogatari mengikuti Homura dalam perjuangannya untuk mengungkap kebenaran menyakitkan di balik situasi misterius, saat ia berjuang dengan egois dan putus asa demi cintanya yang abadi dalam kesimpulan yang penuh keputusasaan ini pada kisah lima gadis penyihir.