U.C. 0097, satu tahun setelah pembukaan "Laplace's Box." Meskipun diturunkannya Piagam Abad Universal yang mengakui keberadaan dan hak-hak Newtypes, kerangka dunia belum banyak diubah. Konflik yang kemudian dijuluki "Insiden Laplace" itu diperkirakan telah berakhir dengan jatuhnya sisa-sisa Neo Zeon yang dikenal sebagai Sleeves. Dalam pertempuran terakhirnya, dua mobile suit psycho-frame penuh menunjukkan kekuatan di luar pemahaman manusia. Unicorn putih dan singa hitam disegel untuk menghilangkan bahaya ini dari kesadaran manusia, dan mereka sekarang harus sepenuhnya dilupakan. Namun, RX-0 Unicorn Gundam 03, yang menghilang dua tahun sebelumnya, sekarang akan muncul di Earth Sphere sekali lagi. Phoenix emas ... bernama Phenex.